Masterarbeit, Heidi Lischer

User Tools

Site Tools

Trace:
data_format

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
data_format [2008/06/18 09:53] – heididata_format [2009/03/02 14:05] (current) – heidi
Line 3: Line 3:
  
 \\ \\
- 
- 
- 
- 
- 
- 
- 
- 
  
  
Line 36: Line 28:
   * [[MSA]]   * [[MSA]]
   * [[GDA]]   * [[GDA]]
 +  * [[GENETIX]]
 +  * [[GESTE/ BayeScan]]
  
  
Line 44: Line 38:
   * **[[NEXUS]]**   * **[[NEXUS]]**
   * **[[FASTA]]**   * **[[FASTA]]**
 +  * [[KML]]
  
  
Line 76: Line 71:
  
 ===== new data format ===== ===== new data format =====
-  * in [[XML_presentation|XML]] +  * [[PGD]]
-  * root element: <PGD> +
- +
- +
- +
-==== 1. version: ==== +
-\\ +
-|  ^^^^  data type  ^^^^^^ +
-^  block  ^ subtags ^^^ standard ^ DNA ^ SNP ^ Microsattelite ^ RFLP (AFLP) ^ Allel frequency ^ +
-^^^^^^^^^^^ +
-| header (attribute: title) | number_samples |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | data_type |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | number_loci | number ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | |  +
-| || loci (attribute: name) | locations |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| ||| length |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | missing |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | gap |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | gametic_phase |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | recessive_alleles |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-^^^^^^^^^^^ +
-| sample (attribute: name) | size |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | id (attribute: name) | frequency ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| || loci (attribute: name) //(when unaligned)// | position |    |  o  |  o  |    |  o  | | +
-| ||| genotype/haplotype (a) |    |  x(a)  |  x(a)  |   |  x(a)  | |  +
-| || genotype/haplotype (a) (attribute: name) //(when aligned)// | |  x  |  x(a)  |  x(a)  |  x  |  x(a)  | | +
-^^^^^^^^^^^ +
-| structure (attribute: name) | number_groups |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | group (attribute: name) //(sample name, sample name)// |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-^^^^^^^^^^^ +
-| distance_matrix (attribute: name) | size |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | lables |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | matrix |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
- +
-x: obligatory\\ +
-o: optional\\ +
-a: alternative\\ +
- +
- +
- +
-\\ +
-==== 2. version: ==== +
-\\ +
-|  ^^^^  data type  ^^^^^^ +
-^  block  ^ subtags ^^^ standard ^ DNA ^ SNP ^ Microsattelite ^ RFLP (AFLP) ^ Allel frequency ^ +
-^^^^^^^^^^^ +
-| header (attribute: title) | number_population |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | data_type |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | number_loci* | number ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | |  +
-| || loci (attribute: name) | locations |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| ||| length |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | missing |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | gap |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | gametic_phase |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | recessive_alleles |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-^^^^^^^^^^^ +
-| population (attribute: name) | size |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | geographic_coord |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | +
-| | id (attribute: name) (a3) | frequency ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| || loci (attribute: name) //(when unaligned)// | location |    |  o  |  o  |    |  o  | | +
-| ||| begin |   |  o  |  o  |   |  o  | | +
-| ||| length |   |  o  |  o  |   |  o  | | +
-| ||| genotype/haplotype (a1) |    |  x (a1)  |  x (a1)  |   |  x (a1)  | |  +
-| || genotype/haplotype (a1) (attribute: name) //(when aligned)// ||  x  |  x (a1)  |  x (a1)  |  x  |  x (a1)  | | +
-| | ind (attribute: name) (a3) | geographic_coord ||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | +
-| || loci (attribute: name) //(when unaligned)// | location |    |  o  |  o  |    |  o  | | +
-| ||| begin |   |  o  |  o  |   |  o  | | +
-| ||| length |   |  o  |  o  |   |  o  | | +
-| ||| genotype/haplotype (a2) |    |  x (a2)  |  x (a2)  |   |  x (a2)  | |  +
-| || genotype/haplotype (a2) (attribute: name) //(when aligned)// ||  x  |  x (a2)  |  x (a2)  |  x  |  x (a2)  | | +
-^^^^^^^^^^^  +
-| structure (attribute: name) | number_groups |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | group (attribute: name) //(sample name, sample name)// |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-^^^^^^^^^^^ +
-| distance_matrix (attribute: name) | size |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | lables |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | matrix |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
- +
-* when for all populations the same\\ +
-x: obligatory\\ +
-o: optional\\ +
-a: alternative to\\ +
- +
- +
- +
- +
- +
-\\ +
- +
- +
- +
- +
-==== 3. version: ==== +
-\\ +
-|  ^^^^  data type  ^^^^^^ +
-^  block  ^ subtags ^^^ standard ^ DNA ^ SNP ^ Microsattelite ^ RFLP (AFLP) ^ Allel frequency ^ +
-^^^^^^^^^^^ +
-| **header** (attribute: title) | number_populations |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | data_type |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | number_loci * | number ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | |  +
-| || loci (attribute: name) | location |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| ||| length |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | gene_copies * |||  x  |  x (a1)  |  x (a1)  |  x  |  x (a1)  | | +
-| | aligned |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | genotypic_data |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | missing |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | gap |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | gametic_phase |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | recessive_alleles |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-^^^^^^^^^^^ +
-| **population** (attribute: name) | size |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | geographic_coord |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | +
-| | linguistic_group |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | +
-| | id (attribute: name) (a3) | frequency ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| || genotype/haplotype (attribute: name) ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | ind (attribute: name) (a3) | geographic_coord ||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| || linguistic_group ||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| || loci (attribute: name) //(when unaligned)// | location |    |  o  |  o  |    |  o  | | +
-| ||| begin |   |  o  |  o  |   |  o  | | +
-| ||| length |   |  o  |  o  |   |  o  | | +
-| ||| gene_copies |   |  x (a1)  |  x (a1)  |   |  x (a1)  | | +
-| ||| genotype/haplotype (a2) |    |  x (a2)  |  x (a2)  |   |  x (a2)  | |  +
-| || genotype/haplotype (a2) (attribute: name) //(when aligned)// ||  x  |  x (a2)  |  x (a2)  |  x  |  x (a2)  | | +
-^^^^^^^^^^^  +
-| **structure** (attribute: name) | number_groups |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | +
-| | group (attribute: name) //(sample name, sample name, ...)// |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | +
-^^^^^^^^^^^ +
-| **distance_matrix** (attribute: name) | size |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | +
-| | labels |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | +
-| | matrix //(number (line break)  number, number (line break)...)// |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | +
- +
-* when for all populations the same\\ +
-x: obligatory\\ +
-o: optional\\ +
-a: alternative to\\ +
- +
- +
- +
-\\ +
- +
- +
- +
- +
- +
- +
- +
- +
-==== 4. version: ==== +
-\\ +
-|  ^^^^  data type  ^^^^^^ +
-^  block  ^ subtags ^^^ standard ^ DNA ^ SNP ^ Microsattelite ^ RFLP (AFLP) ^ Allel frequency ^ +
-^^^^^^^^^^^ +
-| **header** (attribute: title) | number_populations |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | data_type |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | number_loci * | number ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | |  +
-| || loci (attribute: name) | location |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| ||| length |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | number_strains * |||  x  |  x (a1)  |  x (a1)  |  x  |  x (a1)  | | +
-| | aligned |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | genotypic_data |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | missing |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | gap |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | gametic_phase |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | recessive_alleles |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-^^^^^^^^^^^ +
-| **population** (attribute: name) //aligned// (a2) | size |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | geographic_coord * |||  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o  | +
-| | linguistic_group * |||  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o  | +
-| | number_strains * |||  o (a1)  |  o (a1)  |  o (a1)  |  o (a1)  |  o (a1)  | | +
-| | id (attribute: name) (a3) | frequency ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| || genotype/haplotype (attribute: name) //(loci, loci,...)// ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | ind (attribute: name) (a3) | geographic_coord ||  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o  | | +
-| || linguistic_group ||  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  | | +
-| || number_strains ||  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  | | +
-| || genotype/haplotype (attribute: name) //(loci, loci,...)// ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-^^^^^^^^^^^  +
-| **population** (attribute: name) //unaligned// (a2) | size ||| |  x  |  x  | |  x  | | +
-| | geographic_coord * ||| |  o (a6)  |  o (a6)  | |  o (a6)  | | +
-| | linguistic_group * ||| |  o (a7)  |  o (a7)  | |  o (a7)  | | +
-| | loci_location (attribute: name) * ||| |  o (a8)  |  o (a8)  | |  o (a8)  | | +
-| | number_strains * ||| |  o (a9)  |  o (a9)  | |  o (a9)  | | +
-| | ind (attribute: name) | geographic_coord || |  o (a6)*<sup>3</sup>  |  o (a6)*<sup>3</sup>  |  |  o (a6)*<sup>3</sup>  | | +
-| || linguistic_group || |  o (a7)*<sup>3</sup>  |  o (a7)*<sup>3</sup>  | |  o (a7)*<sup>3</sup>  | | +
-| || loci_location (attribute: name)*<sup>2</sup> || |  o (a8)*<sup>3</sup>  |  o (a8)*<sup>3</sup>  | |  o (a8)*<sup>3</sup>  | | +
-| || number_strains || |  x (a9)  |  x (a9)  | |  x (a9)  | | +
-| || strain (attribute: name) | begin | |  x  |  x  | |  x  | | +
-| ||| length | |  x  |  x  | |  x  | | +
-| ||| genotype/haplotype | |  x  |  x  | |  x  | | +
-^^^^^^^^^^^  +
-| **structure** (attribute: name) (o) | number_groups |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | group (attribute: name) //(sample name, sample name, ...)// |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-^^^^^^^^^^^ +
-| **distance_matrix** (attribute: name) (o) | size |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | labels |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | matrix //(number (line break)  number, number (line break)...)// |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
- +
-* when for all populations/individuals the same\\ +
-*<sup>2</sup> if it exist --> align DNA over one individual, if it not exist --> align DNA over one population\\ +
-*<sup>3</sup> if for one individual defined, it has to be defined for all individuals\\ +
-x: obligatory\\ +
-o: optional\\ +
-a: alternative to\\ +
- +
-\\ +
-  * **stylesheet:** {{stylesheet_data-format.pdf}} +
- +
-\\ +
- +
- +
-==== 5. version: ==== +
-\\ +
-|  ^^^^  data type  ^^^^^^ +
-^  block  ^ subtags ^^^ standard ^ DNA ^ SNP ^ Microsattelite ^ RFLP (AFLP) ^ Allel frequency ^ +
-^^^^^^^^^^^ +
-| **header** (attribute: title) | nb_pop |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | data_type |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | loci (o) * | nb ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | |  +
-| || locus (attribute: id) | location |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| ||| length |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| ||| links |  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | nb_reads * |||  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  | | +
-| | aligned |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | geno_data |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | missing |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | gap |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | gametic_phase |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | recessive_alleles |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-^^^^^^^^^^^ +
-| **loci** (o) | nb |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | locus (attribute: id) | location ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| || length ||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| || links ||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-^^^^^^^^^^^ +
-| **population** (attribute: name) //aligned, same data type// (a2) | size |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | geo_coord * |||  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o  | +
-| | linguistic_group * |||  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o  | +
-| | nb_reads * |||  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  | | +
-| | loci //(locus, locus,...)// * |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | id (attribute: name) (a3) | freq ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| || geno/hap (attribute: name) //(locus, locus,...)// ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | ind (attribute: name) (a3) | geo_coord ||  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o  | | +
-| || linguistic_group ||  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  | | +
-| || nb_reads ||  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  | | +
-| || geno/hap (attribute: name) //(locus, locus,...)// ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-^^^^^^^^^^^  +
-| **population** (attribute: name) //unaligned// (a2) | size ||| |  x  |  x  | |  x  | | +
-| | geo_coord * ||| |  o (a6)  |  o (a6)  | |  o (a6)  | | +
-| | linguistic_group * ||| |  o (a7)  |  o (a7)  | |  o (a7)  | | +
-| | locus (attribute: id)* ||| |  o (a8)  |  o (a8)  | |  o (a8)  | | +
-| | nb_reads * ||| |  o (a9)  |  o (a9)  | |  o (a9)  | | +
-| | ind (attribute: name) | geo_coord || |  o (a6)*<sup>3</sup>  |  o (a6)*<sup>3</sup>  |  |  o (a6)*<sup>3</sup>  | | +
-| || linguistic_group || |  o (a7)*<sup>3</sup>  |  o (a7)*<sup>3</sup>  | |  o (a7)*<sup>3</sup>  | | +
-| || locus (attribute: id)*<sup>2</sup> || |  o (a8)*<sup>3</sup>  |  o (a8)*<sup>3</sup>  | |  o (a8)*<sup>3</sup>  | | +
-| || nb_reads || |  x (a9)  |  x (a9)  | |  x (a9)  | | +
-| || read (attribute: name) | start | |  x  |  x  | |  x  | | +
-| ||| length | |  x  |  x  | |  x  | | +
-| ||| geno/hap | |  x  |  x  | |  x  | | +
-^^^^^^^^^^^  +
-| **structure** (attribute: name) (o) | number_groups |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | group (attribute: name) //(sample name, sample name, ...)// |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-^^^^^^^^^^^ +
-| **distance_matrix** (attribute: name) (o) | size |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | labels |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | matrix //(number (line break)  number, number (line break)...)// |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
- +
-* when for all populations/individuals the same\\ +
-*<sup>2</sup> if it exist --> align DNA over one individual, if it not exist --> align DNA over one population\\ +
-*<sup>3</sup> if for one individual defined, it has to be defined for all individuals\\ +
- +
-x: obligatory\\ +
-o: optional\\ +
-a: alternative to\\ +
- +
- +
- +
-\\ +
- +
- +
- +
- +
- +
- +
- +
- +
- +
- +
-==== 6 version: ==== +
-\\ +
-|  ^^^^  data type  ^^^^^^ +
-^  block  ^ subtags ^^^ standard ^ DNA ^ SNP ^ Microsattelite ^ RFLP (AFLP) ^ Allel frequency ^ +
-^^^^^^^^^^^ +
-| **header** (attribute: title) | organism |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | numPop |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | numReads * |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | aligned |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | missing |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | gap |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | gameticPhase |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| | recessiveData |||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-^^^^^^^^^^^ +
-| **loci** (o) | lociNum |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | lociDataType * |||  x (a10)  |  x (a10)  |  x (a10)  |  x (a10)  |  x (a10)  |  x  | +
-| | locus (attribute: id) | locusDataType ||  a10  |  a10  |  a10  |  a10  |  a10  | | +
-| || locusChromosom ||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| || locusLocation ||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| || locusGenic ||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| || locusLength ||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| || locusLinks ||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-| || locusComments ||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  | | +
-^^^^^^^^^^^ +
-| **population** (attribute: name) //aligned, same data type// (a2) | popSize |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | popGeogCoord * |||  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o  | +
-| | popLingGroup * |||  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o  | +
-| | popNumReads * |||  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  | | +
-| | popLoci //(locus, locus,...)// * |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | ind (attribute: name) (a3) | indGeogCoord ||  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o  | | +
-| || indLingGroup ||  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  | | +
-| || indNumReads ||  a1  |  a1  |  a1  |  a1  |  a1  | | +
-| || indFreq //(absolute Freq)// ||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  |  x  | +
-| || data //(locus, locus,...)// ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-^^^^^^^^^^^ +
-| **population** (attribute: name) //aligned, diff data type// (a2) | popSize |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| | popGeogCoord * |||  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  | | +
-| | popLingGroup * |||  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  | | +
-| | popNumReads * |||  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  |  x (a1)  | | +
-| | ind (attribute: name) (a3) | indGeogCoord ||  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o (a4)  |  o  | | +
-| || indLingGroup ||  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  |  o (a5)  | | +
-| || indLoci //(locus, locus,...)// ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-| || indNumReads ||  a1  |  a1  |  a1  |  a1  |  a1  | | +
-| || indFreq //(absolute Freq)// ||  o  |  o  |  o  |  o  |  o  |  x  | +
-| || data //(locus, locus,...)// ||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | | +
-^^^^^^^^^^^  +
-| **population** (attribute: name) //unaligned// (a2) | popSize ||| |  x  | | | | | +
-| | popGeogCoord * ||| |  o (a6)  | | | | | +
-| | popLingGroup * ||| |  o (a7)  | | | | | +
-| | popNumReads * ||| |  x (a9)  | | | | | +
-| | popLocus * ||| |  o (a8)  | | | | | +
-| | ind (attribute: name) | indGeogCoord || |  o (a6)*<sup>3</sup>  | | | | | +
-| || indLingGroup || |  o (a7)*<sup>3</sup>  | | | | | +
-| || indLocus *<sup>2</sup> || |  o (a8)*<sup>3</sup>  | | | | | +
-| || indFreq //(absolute Freq)// || |  o  | | | | | +
-| || indNumReads || |  a9  | | | | | +
-| || read | start | |  x (if unalig.)  | | | | | +
-| ||| length | |  o  | | | | | +
-| ||| data | |  x  | | | | | +
-^^^^^^^^^^^  +
-| **structure** (attribute: name) (o) | numGroups |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | group (attribute: name) //(sample name, sample name, ...)*<sup>4</sup>// |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-^^^^^^^^^^^ +
-| **distanceMatrix** (attribute: name) (o) | matrixSize |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | matrixLabels //(name, name,...)// |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
-| | matrix //(number (line break)  number, number (line break)...)// |||  x  |  x  |  x  |  x  |  x  |  x  | +
- +
-* when for all populations/individuals the same\\ +
-*<sup>2</sup> if it exist --> align DNA over one individual, if it not exist --> align DNA over one population\\ +
-*<sup>3</sup> if for one individual defined, it has to be defined for all individuals\\ +
-*<sup>4</sup> label/sample name within "" if more than one word\\ +
- +
-x: obligatory\\ +
-o: optional\\ +
-a: alternative to\\ +
- +
-\\ +
-  * stylesheet: {{stylesheet_data-format3.pdf|}}+
  
  
  
data_format.1213775590.txt.gz · Last modified: 2008/07/22 13:30 (external edit)